Первый монастырь на северо-востоке азиатской территории Русского государства  был основан в 1663 – 1664 годах. Об учреждении его и церкви во имя Спаса Нерукотворного Образа подал челобитные царю и архиепископу Сибирскому Симеону воевода Иван Голенищев-Кутузов. Горожане выбрали служилого человека Ивана Афанасьевича Овчинникова на должность настоятеля и ходатайствовали о посвящении его в монахи.

За свою более чем трёхвековую историю Якутский монастырь пережил и период разорения, и нового расцвета, и около десяти больших и малых пожаров. Но всегда на месте сгоревших зданий возводились новые.

Первоначально обитель была деревянной, как и весь Якутск. Кирпичные здания в ней начали строить после опустошительного пожара 1780 года.

Первоначально в монастыре располагались две деревянные церкви: одна двухэтажная летняя (Спасская и Петропавловская), а другая однопрестольная Михаила Малеина, после пожара и застройки нового города перенесенная с Головинского острога. Вблизи церквей находилась деревянная колокольня.

В 1800г. монастырь окружал заплот с тремя проезжими воротами.  Внутри находились две каменные церкви, колокольня, каменные палаты, три кельи, кухня, пивоварня, баня с горенкой, 10 амбаров, каменный столп для солнечных часов, крытая тесом завозня.

После того как в 1780 году огонь уничтожил главный храм монастыря, в нём началось строительство каменных сооружений. В 1800-м сложили трёхпрестольную двухярусную Спасскую церковь и колокольню из кирпича ( в ХХ веке, в советское время – хранилище экспонатов, здание архива, разобрано в конце 1970-х)

В 1828-м на территории монастыря были возведены каменные монашеские кельи (в здании келий в ХХ веке располагались общежитие работников музея, кабинеты и фондохранилище. Разобраны в 1990-х гг.). Одноэтажное кирпичное здание было по своей архитектуре столь же аскетично, как и другие монастырские каменные строения.

От исторических строений на монастырской территории остался лишь двухэтажный кирпичный особняк епископа Якутского и Вилюйского, ныне – главный корпус Музея имени Ярославского.

В 2012 году в Якутске начались работы по восстановлению мужского Спасского монастыря

А 2 октября 2013 года по определению Святейшего Патриарха и Священного Синода и прошению епископа Романа Спасский мужской монастырь в Якутске открылся официально.