Экспозиция познакомит посетителей музея с природными особенностями Якутии, начиная с доисторических времен и заканчивая современностью.
В разделе палеонтологии представлены останки стегозавра, найденные в местности Тээтэ, окаменелости микроорганизмов и растительности, произраставшей в Якутии в древние времена.
Большой интерес представляют кости ископаемых животных ледникового периода: мамонта, шерстистого носорога, бизона, овцебыка и древней лошади. Тут же можно увидеть экспонат, который музейные сотрудники называют «Дедушкой музея» — череп ископаемого бизона, находка которого послужила в 1887г. толчком к созданию в Якутске первого музея.
Также здесь экспонируется уникальный скелет Тиряхтяхского мамонта. Это один из немногих найденных в мире полных скелетов взрослых мамонтов, отлично сохранившийся, несмотря на то, что ему больше 30 тыс. лет.
Прекрасные диорамы и выставки раздела современной природы Якутии покажут посетителю, какие разные и удивительные ландшафты встречаются в нашей республике и какие виды животных и птиц их населяют.
Среди экспонатов этого раздела стоит упомянуть известное для многих якутян чучело амурского тигра, убитого местными охотниками близ поселка Эжанцы в 1905 году.