24 июля 1681 г. при воеводе Иване Васильевиче Приклонском  была заложена новая Якутская крепость («город»). Город отличался от острога тем, что окружён рублеными стенами, а не тыном. Иначе говоря, это был «кремль». Такая постройка впервые применена для Якутска, в отличие от предыдущих укреплений — острогов.

Воевода И. В. Приклонский выбрал место для города в западной части, там, где теперь находится Площадь Дружбы — «против верхнего посаду на лугу, от реки и посаду далеко, а не у монастыря», о чем просили жители. Весной 1682 г. воевода И. В. Приклонский доносил, что он «город новый делать стал… от посаду крайнего к матёрой стороне сажен 3200, а от реки до городового места сажен 3400». Работало 52 человека, из них 20 якутских казаков-плотников, 2 посадских, 10 енисейских и 20 илимских плотников.

В мае 1684 г. в Якутск приехал новый воевода — Матвей Осипович Кровков, который донёс, что принял новый рубленый город в стенах с 7 башнями. На углу вместо одной башни располагалась новая церковь «в две службы… а алтари у той церкви выпущены за город… да осмая башня… з городовою стеною с четырьми клетками перенесена и поставлена на поле без кровли», в другом документе указывается, что башня была снята вместе со стеною в 8 саженей и поставлена «от города в 30 саж. идучи в город на правой стороне в поле».

В 1686 г. воевода Матвей Осипович Кровков, ввиду тревожных военных слухов, шедших с Амура, с 1 июля начал строить вокруг города новый дополнительный острог. Последний окружал город и, по словам Матвея Кровкова, занял место «во все 4 стены 580 сажен». Строение имело 8 башен, из которых две проезжие (одна из них — восточная в восстановленом виде есть и теперь). Острог был выстроен силами всех жителей Якутска в качестве повинности.

В новом городе с самого его начала появляются постройки, первоначально служебные, а немного позднее — жилые: для воевод и прочих. По данным 1684 г., в новом городе были: приказная изба, караульня и церковь. Церковь была двухэтажная — верхняя и нижняя, и алтари этой церкви составляли левый угол восточной стены города. Таким образом, здесь дозорной угловой башни не было. Церковь имела два крыльца, три рундука, семь крестов, 30 окон и паперть. Кроме церкви, в городе наличествовала ещё часовня. Помимо всего этого, есть указания, что в городе был «тайник водяной копаной не доделан покрыт землею .В 1686 г. в городе построены два амбара с сараем для «соболиной казны», перенесенные из старого острога, пороховой погреб, воеводские и аманатские квартиры и земляная тюрьма для раскольников, а в остроге отстроены четыре амбара для хлебных, соляных и судовых запасов.

В  целости город простоял недолго. В 1700 г. пожаром уничтожены в нём некоторые постройки и крепостные сооружения. Тогда же сгорела церковь. Значительно пострадали угловые части восточной и южной стены города. После этого пожара картина города была уже несколько иная. По «росписи» Якутска от 1715 г., мы имеем следующий вид крепости. В городе сохранились целыми две стены. Южная стена уцелела лишь на 24 сажени, а восточная с угловой башней осталась на протяжении 6 саженей. Здесь на месте разрушенных и уничтоженных пожаром частей до проезжих ворот устроен забор, рубленный «в лапу», протяжением на 25 саженей. На правой стороне от проезжих ворот передней стены — каменная Приказная палата с тесовой кровлей, в середине которой, на вершине, утверждён двуглавый орёл. Это каменное здание построено в 1707 г. при воеводах Юрии и Михаиле Шишкиных (оно было уничтожено в 80-х гг. XX в., в краеведческом музее сохранилась лишь каменная плита с надписью времён построения этой палаты). Между палатами и воротами построен сарай «в столбах», покрытый тёсом для разборки «соболиной казны». От Приказной палаты до церкви — стена «городовая» каменная, в длину 6 саженей, в высоту — 2 сажени 2 вершка и толщиной — аршин (около 0,7 м).С южной стороны — церковь каменная во имя Животворящей Троицы.