Первоначально, Якутский тюремный двор располагался на территории Якутской крепости (современная территория Площади Дружбы и ул.Каландаришвили). Внутри острожных стен был внутренний тюремный дворик, огражденный частоколом, внутри которого находилась тюремная изба, а снаружи частокола стояла караульная изба. Позже тюрьму переносят из начавшей разрушаться крепости на северо-восточную окраину города, за Спасский монастырь (современная территория по ул.Дзержинского).

На этом месте тюрьма просуществовала довольно долго, вплоть до ХХ века. В XIX веке это место известно как Якутская областная пересыльная тюрьма. Здесь содержали, помимо уголовников, политических ссыльных. Среди них особенно известны участники знаменитых якутских политических протестов 1889 и 1904 гг.  – “монастыревцы” и “романовцы”. Здесь же, во дворе тюрьмы, в августе 1889 года были казнены три организатора Монастыревского протеста политссыльные Зотов, Гаусман и Коган-Бернштейн.

Двор тюрьмы был окружен высоким частоколом. Внутри находились  общая тюремная кухня, тюремная баня и прачечная, корпус для заключения срочных и подсудных, женская тюрьма. Отдельный двор составляли служебные помещения: общежитие для тюремных служащих, квартира начальника тюрьмы, хозяйственные постройки. В начале ХХ века начальник тюрьмы Сыроватский разбил сад, который сильно разросся. После революции на месте этого сада было построено здание городской милиции.

Перед тюрьмой находилась обширная тюремная площадь.

В советское время на этом месте возвели здание Министерства внутренних дел.