Коллекция отдела природы существует с самого начало основания музея и состоит из следующих коллекций:

1. Орнитологическая коллекция – 231 ед.хранения. Здесь входят редкие птицы, включенные в Красную книгу (стерхи, фламинго, розовая чайка, отдельные виды гагар);
2. Коллекция млекопитающих – 86 ед. хранения: чучела отдельных видов животных, редко встречающихся на территории Якутии или включенных в Красную книгу (амурский тигр, речная выдра);
3. Энтомологическая коллекция состоит из 5235 ед. хранения, датируемых 1910 г. и полученных из экспедиций АН СССР в разные годы;
4. Ботаническая коллекция составляет 1891 ед. хранения: гербарийный материал, подаренный Российской Академией наук, сборы Н.А. Виташевского, сборы экспедиций ботанического отряда музея;
5. Палеонтологическая;
6. Геологическая.

Диорама «Верхоянский хребет»

Скелет Тирехтяхского мамонта

Первый экспонат музея