Территория, которую сегодня занимает наш музей, сама по себе является памятником истории. На этом месте в XVII веке в 1664 году был основан Спасский мужской монастырь. К сожалению, большинство строений монастыря, закрытого в 1920-х гг., не сохранились до наших дней. Несмотря на это местность вокруг музея буквально пропитана историей. Ведь монастырь был на протяжении столетий одним из главных центров не только Якутска, но и всего Северо-Востока России.

Экспозиция под открытым небом включает в себя Главный корпус музея – здание Архиерейских покоев Спасского мужского монастыря, мемориальный дом Е.М.Ярославского, памятник Емельяну Михайловичу Ярославскому, мемориальный дом «Монастыревка», часовню в память двухсотлетия святителя Иннокентия, памятный крест на месте предполагаемого захоронения епископа Макария, ритуальный якутский комплекс из коновязей Аар багах, памятную коновязь-сэргэ установленную в честь посещения в 2003 году музея Генеральным директором «Юнеско» КоитироМацуура, смонтированные под открытым небом скелеты гренландского кита и дельфина-белухи.