Экспозиция отдела истории расскажет посетителям об истории Якутии с XVII по XX век.
В разделе «Якутия в XVII-XIX вв.» можно увидеть подлинные вещи времен казаков-землепроходцев, памятную плиту от воеводской канцелярии 1707 года, снаряжение научных экспедиций, изучавших Якутию в XVIII-XIX вв. и многое другое.
В разделе, посвященном истории революций и гражданской войне в Якутии выставлено множество фотографий, коллекция документов, личные вещи участников тех событий. Интерес представляет подлинное орудие гражданской войны – бомбомёт, изготовленный якутскими рабочими во время осады города Якутска белоповстанцами в 1922 году.