Фонды музея – это целостное, уникальное по своему составу и содержанию собрание памятников истории и культуры народов Якутии, являющееся неотъемлемой частью музейного фонда Российской Федерации.
На 2013 г. коллекции музея содержат свыше 100 000 единиц хранения, из них около 70 000 основного и 35 000 научно-вспомогательного фондов. В запасниках музея хранятся около 24 тысяч предметов истории, этнографии, декоративно-прикладного творчества и свыше 30 тысяч документальных материалов: редкие книги документы, фотографии. Также собран богатый естественно – исторический комплекс: ботанических, зоологических, палеонтологических и минералогических коллекций, зачинателями которого являлись политссыльные: В.П. Зубрилов, Н.В. Оленин, А.И. Курочкин, Е.М. Ярославский (М.И. Губельман) и другие.
Большую роль в создании коллекций музея сыграл Якутский отдел Общества изучения Сибири и пожертвования известных краеведов Н.Н. Грибановского, Н.М. Харитонова, художника И.В. Попова, якутского губернатора И.И. Крафта, Г.А. Попова, А.И. Попова, И.Х. Староватова. Собранный ими материал был дополнен в годы советской власти ценными этнографическими коллекциями, в частности, сборами экспедиций: Комиссии по изучению производительных сил ЯАССР (КЯР); этнографическими коллекциями М.М. Измайловой, собранными в Таттинском районе; В.Н. Васильева, собранными в Алданском и Усть-Майском районах; Научно-исследовательским институтом языка, литературы и истории АН ЯАССР под руководством И.С.Гурвич, собранными в Оленекском, Булунском и Колымской группе районов в 30 – 50 гг. ХХ в.
Отдел занимается комплектованием, учетом, хранением и научной обработкой музейных предметов.
Главный хранитель – Колодезникова Евдокия Николаевна
Специалист по учету музейных предметов – Семенова Оксана Егоровна
Специалист по учету музейных предметов – Охлопкова Раиса Степановна
Хранитель музейных предметов – Попова Дарья Петровна
Хранитель музейных предметов – Мигалкина Майя Афанасьевна
Хранитель музейных предметов – Торговкина Надежда Ивановна
Хранитель музейных предметов – Старостина Татьяна Гавриловна
Хранитель музейных предметов – Илларионова Юлия Владимировна
Хранитель музейных предметов – Абрамов Александр Прокопьевич
Редактор электронных баз данных – Слепцова Саргылана Ильинична
Художник-реставратор – Попов Иван Иванович
Художник-реставратор – Протопопов Василий Егорович
Тел. (4112) 42-26-89
e-mail: museum1887@mail.ru