В феврале 1887 г. Якутский областной статистический комитет по инициативе его секретаря А.И. Попова принял историческое решение – создать в г. Якутске областной музей.

Поводом для создания музея послужил череп ископаемого быка, найденный в 1886 г.

Успех начинания определила поддержка населения, среди жертвователей встречаются имена архиерея Мелетия, письмоводителя Дюпсинской инородческой Управы В.В. Никифорова, купца В.А. Кушнарева и многих других.

Главную роль  в становлении музея сыграли политические ссыльные, которые были привлечены  А.И. Поповым, как образованные и «неравнодушные музейному делу» люди. В музее работали политссыльные В.П. Зубрилов, Н.А. Виташевский, В.И. Иохельсон, М.И. Сосновский, Ф.Я. Давыденко, В.Е. Окольский, П.В. Оленин, М.К. Лаговский, А.П. Курочкин, А.К. Кузнецов, Е.М. Ярославский.

7 июня (26 мая) 1891 г. открылась первая экспозиция музея в одной из лавок Гостиного двора.